Die beginnende Industrialisierung führte in Berlin nach 1850 zu einem Bevölkerungsboom. Die Zionsgemeinde ist eine Tochtergründung der St. Elisabethgemeinde. Zunächst diente ein Gaststättensaal an der Schönhauser Allee als Kapelle. Wilhelm I., 1861 einem Attentat glücklich entkommen, übernahm 1864 das Patronat für die zu bauende Dankes- und Votivkirche. Der Architekt August Orth entwarf einen Backstein-Terrakotten-Bau im Stil des Berliner Historismus: romanischer Stil wurde mit gotischen Elementen verknüpft. Beide galten als „nationaler Stil“. Der 67 Meter hohe Turm diente auch als Orientierungs- und Aussichtspunkt - bis heute.
Die Kirche steht auf dem höchsten natürlichen Punkt des alten Berlins, dem alten Weinberg. Vielleicht einer der Gründe, warum der Berg Zion in Jerusalem („Der Ort, wo Gott wohnt“) zum Namensgeber der Kirche und Gemeinde wurde.
Das Mahnmal „Für Dietrich Bonhoeffer“ des Bildhauers Karl Biedermann an der Westseite der Zionskirche verweist auf die Jahre 1931/32, in denen er als Vikar in der Gemeinde predigte, taufte und Konfirmanden unterrichtete.
1943 zerstörten Bomben Kirchendach, Altar, Chorfenster und die Sauer-Orgel. Auf der Suche nach Brennholz machten einige Berliner in den Nachkriegswintern vor den Kirchenbänken nicht halt. Deshalb wurden 1946 die unteren Fenster vermauert. Bis 1953 wurde die Kirche notdürftig wieder hergestellt, in den 1960er Jahren zum Teil umgebaut und im kargen Stil der damaligen Zeit mit Latex-Farbe renoviert. Die in den 1970er Jahren auftretenden Schäden an Heizung und Dach wurden nicht beseitigt, der Verfall setzte ein.
1986 bot die Gemeinde Raum für den „Friedens- und Umweltkreis der Zionsgemeinde“. Am 25. November 1987 durchsuchte die Stasi die Räume der Umweltbibliothek, nahm einige Mitglieder der Gruppe fest. Mahnwachen, Protestveranstaltungen in Zion wurden der Beginn für landesweite Proteste. Auch das Medienecho im westlichen Ausland führte zur Freilassung der Inhaftierten.
Erst 1988 begann die Dach- und Turmsanierung, die 1993 nach eingehenden Untersuchungen vollständig durchgeführt werden konnte. Die Außenfassade wurde schrittweise restauriert, die Glocken wurden wieder in den Turm gehangen. 2002 konnten die vermauerten Fenster wieder geöffnet werden.
20 Jahre nach der Wende ist die Zionskirche auf dem Zionskirchplatz ein offenes Haus. Menschen finden hier Stille und Weite, sehen im blätternden Charme des Innenraums eine Entsprechung der Liebe Gottes zum imperfekten Menschen - oder ärgern sich über eine nicht sanierte, im Winter, bitterkalte Kirche. Sie steigen auf den Kirchturm und genießen die Aussicht und diskutieren auf der Schwelle zur Kirche.