Die Bethlehemgemeinde wurde 1892 in der damals noch selbstständigen Stadt Linden bei Hannover gegründet. Sie entstand aus der St.-Martins-Gemeinde und hielt ihre ersten Gottesdienste in einer Schulaula ab. Durch das starke Bevölkerungswachstum in Linden wurde bald eine größere Kirche nötig – 1906 wurde die Bethlehemkirche eröffnet.
In den 80er Jahren gab es in der Gemeinde ein vielfältiges Angebot für die Menschen im Stadtteil. Dazu gehörten eine Kletterwand am Kirchturm, eine Kegelbahn, eine Fußballmannschaft und zeitweise sogar eine eigene Biersorte.
2009 schloss sich die Gemeinde mit der Gerhard-Uhlhorn-Gemeinde zur Kirchengemeinde Linden-Nord zusammen. Seit 2024 heißt sie wieder Bethlehemkirchengemeinde und ist Teil der Gesamtkirchengemeinde Linden-Limmer. Heute ist die Bethlehemkirchengemeinde bekannt für ein vielfältiges Angebot für Kinder und Jugendliche. Der Domino Kindertreff und der Bethlehemkellertreff sind offene Jugendeinrichtungen, die unter Woche von vielen jungen Menschen im Stadtteil besucht werden.