Die Stiftskirche wurde 1892 nach Plänen von Rudolph Eberhard Hillebrand erbaut und 1895 eingeweiht. Mit ihrem 69 Meter hohen Kirchturm und einem Sandsteinsockel prägt sie das Bild des Stephansstift Geländes. Bemerkenswert: Der gesamte Bau wurde ausschließlich durch Spenden finanziert.
Während des Zweiten Weltkriegs musste die Kirche schwere Verluste hinnehmen: 1942 wurden Glocke, Wandleuchter und weitere Metalle der Stiftskirche für die Rüstungsindustrie eingeschmolzen. Die Fenster der Kirche wurden im Krieg beschädigt, dennoch blieb der Kirchenraum größtenteils nutzbar. Zeitweise war die Stiftskirche die einzige evangelische Kirche in Hannover, die genutzt werden konnte. In dieser Zeit richtete das Stephansstift eine Großsammelstelle ein, in der bei Luftangriffen bis zu 22.000 Menschen beköstigt und versorgt wurden.
1952 erhielt die Kirche einen neuen Altar, ergänzt durch eine Kreuzigungsgruppe mit Maria und Johannes in Trauer und Schmerz.
Heute ist die Stiftskirche nicht nur ein Ort des Glaubens, sondern wird dank ihrer besonderen Akustik und ihrer ruhigen Lage gern für musikalische Aufnahmen und Konzerte genutzt. Unregelmäßig finden hier auch die Gottesdienste der Diakoniegemeinde Stephansstift statt.