Die Friedenskirche ist das älteste sakrale Gebäude in Frankfurt (Oder). Noch vor der Stadtgründung im Jahr 1253 wurde in einer Kaufmannssiedlung um 1226 eine Pfarrkirche, dem heiligen Nikolaus gewidmet, erbaut. Ab 1253 entstand etwas südlich als neue Hauptkirche die Marienkirche. Dennoch wurde während des Mittelalters auch die Nikolaikirche immer weiter im gotischen Stil ausgebaut.
Um 1300 wurde ein vierjochiges Langhaus errichtet. Im Zuge der Reformation wurde die Kirche im November 1539 säkularisiert und diente bis 1657 verschiedenen außerkirchlichen Zwecken. Dann wurde sie auf Weisung des Großen Kurfürsten Friedrich Wilhelm an die Reformierte Gemeinde übergeben und im ausgehenden 17. Jahrhundert auch durch zuwandernde französische Hugenotten genutzt.
Die zweitürmige 55 m hohe neugotische Westfassade wurde 1890 bis 1894 erbaut. 1929 wurde die Kirche in „ Friedenskirche“ umbenannt. Durch den großen Stadtbrand in den letzten Tagen des Zweiten Weltkrieges wurde auch die Friedenskirche in Mitleidenschaft gezogen. Bis 1952 kam es zu weiteren Schäden durch Vandalismus. Anlässlich der letzten Einweihung 1959 wurde ein neuer Altar und eine neue Orgel eingebaut. 1974 fand der letzte Festgottesdienst anlässlich des evangelischen Kirchentages statt. Danach wurde das Gebäude nicht mehr kirchlich, sondern als Depot genutzt. 1985 pachtete es die Stadt Frankfurt (Oder). Ab 1991 wurde der Dachstuhl des Langhauses und des Chores rekonstruiert und mit einer umfassenden Sanierung des Gebäudes begonnen. 1994 wurde das „ Oekumenische Europa-Centrum Frankfurt (Oder) e.V.“ gegründet, dem die Stadt Frankfurt (oder) das Gebäude seitdem zur Verfügung stellt. Heute finden in der Friedenskirche regelmäßig interkonfessionelle Gottesdienste und Begegnungen statt. In den Jahren 2006 bis 2008 wurde die Orgelempore und der Südturm für eine intensivere Nutzung durch das Oekumenische Europa-Centrum Frankfurt (Oder) umgebaut.