Thomas C. Müller wurde am 17. März 1965 im südwestfälischen Siegen geboren und wuchs im nahegelegenen Kreuztal auf. Nach dem Schulbesuch studierte er von 1984 bis 1991 in Tübingen, München und Münster Evangelische Theologie. In Hagen war er von 1992 bis 1994 als Vikar tätig und arbeitete dort auch als Pfarrer im Entsendungsdienst. Schwerpunkt der Arbeit als Citypfarrer in Hagen war die Stadtkirchenarbeit, bei der es darum geht, neue Formen der kirchlichen Arbeit und der Nutzung von Kirchen zu entwickeln und zu erproben. 1997 wurde Thomas C. Müller an die Ev. Stadtkirche im westmünsterländischen Gronau nahe der deutsch-niederländischen Grenze gewählt und war dort 13 Jahre als Gemeindepfarrer tätig. Seit September 2010 ist er Domprediger am Berliner Dom.