Im Oktober 1869 wird von einer ersten Versammlung Tübinger Baptisten berichtet. Als offizielles Gründungsdatum der Tübinger Baptistengemeinde gilt der 26. November 1869, als der Stuttgarter Prediger Friedrich Wilhelm Liebig drei Frauen im Neckar taufte. Die Gemeinschaft, die sich in unterschiedlichen Häusern traf, wuchs rasch an. 1912 wurde ein eigenes Gemeindehaus in der Poststraße 10 eingeweiht. 1912 zählte die Gemeinde Tübingen-Zillhausen (bei Balingen) – offiziell noch Zweiggemeinde der Stuttgarter Baptistengemeinde - 130 Mitglieder. 1920 wurde Tübingen-Zillhausen selbständige Gemeinde.
Ein Rekordjahr bei den Taufentscheidungen war das Jahr 1933 mit 55 Taufen. Als der Gemeindeverband Tübingen-Zillhausen 1938 aufgelöst wurde, zählte Tübingen 138 Mitglieder. In den Nachkriegsjahren wuchs die Gemeinde durch die Aufnahme von Flüchtlingen und Vertriebenen. Die Raumnot in der Poststraße fand 1962 ein Ende, als am 27. Mai das neue Gemeindehaus in der Payerstraße als Kreuzkirche festlich eingeweiht werden konnte. Die Kreuzkirche feierte 2012 ihr 50. Jubiläum. Im Jahre 2019 wurde feierlich das 150-jährige Gemeindebestehen begangen.