Bis zum Jahr 2002 hieß die Gemeinde um die Johanniskirche Johannisgemeinde. Bis dahin hatte sie eine bewegte Geschichte, die durch gut erhaltene Protokolle seit dem Jahr 1584 dokumentiert ist. Prägend war bis zum Jahr 1874 der dörfliche Charakter Bornheims. Kirche und Dorf waren eng verbunden. Bornheim war gleichzeitig das Amüsierviertel Frankfurts. Mit der Eingliederung Bornheims zur freien Reichsstadt Frankfurt wuchsen der Ortsteil und die Kirchengemeinde. Nach dem II. Weltkrieg zählte die Johannisgemeinde ca. 36000 Gemeindeglieder. Es kam zu einer Aufteilung in drei Gemeinden und zum Neubau von zwei Kirchen.
Die Johannisgemeinde blieb die größte der drei Gemeinden und mit dem prägnanten Kirchturm, die im Volksmund wegen ihrer Zwiebelform liebevoll "Zwiwwelkirch" genannt wird, war und ist sie ein herausragendes Wahrzeichen des Stadtteils.
In den siebziger und achtziger Jahren galt die Johannisgemeinde als politische Gemeinde, die z.B. im Kampf gegen den Autobahnausbau sehr aktiv war. Ebenso wurde der Nachrüstungsbeschluss der NATO öffentlich kritisiert.
Die Gemeinde stand und steht für eine gut ausgebaute und funktionierende Jugendarbeit. Dafür werden jährlich große Summen an Haushaltsmitteln der Gemeinde zur Verfügung gestellt.
Im Jahr 2003 wurde die Fusion mit der Heilandsgemeinde besiegelt (eine der beiden ausgegründeten Gemeinden). Die Gemeinde erhielt den Namen Kirchengemeinde Frankfurt-Bornheim. Die Kirche heißt weiterhin Johanniskirche.
Durch die Aufgabe aller Liegenschaften der ehemaligen Heilandsgemeinde wurden Gelder frei für den Neubau eines Gemeindehauses. Dieses beherbergt heute die Gemeindgruppen. Dazu gehören neben der starken Jugendarbeit die verschiedenen musikalischen Gruppen der Gemeinde: Kantorei, Posaunenchor, Kinderchöre. Außerdem steht die Gemeinde für eine sehr gut vernetze Arbeit mir Seniorinnen und Senioren in der Gemeinde und dem Stadtteil.
Eine an den jungen Familien im Stadtteil orientierte Arbeit beginnt in der Krabbelstube und den beiden Kindergärten der Gemeinde.
Seit 25 Jahren unterstützt die Gemeinde ein Projekt in Guatemala City. Hiermit verbunden ist der Kontakt zur deutschen evangelischen Gemeinde in Guatemala City.
Darüber hinaus ist die Kirchengemeinde Bornheim gut vernetzt im ökumenischen Netz des Stadtteils und in der Kommunalpolitik. Wir sind Gemeinde für und in der Stadt.
Zurzeit hat die Kirchengemeinde Bornheim ca. 5300 Gemeindeglieder.