Die Thomaskirche wurde am 28. Mai 1910 als "Gemeindehaus am Engelnberg" in Elberfeld feierlich eröffnet.
In dieser Zeit wuchs die Tuchindustrie und immer mehr Menschen zogen nach Elberfeld. Im Stile der Gründerzeit wurden in den engen und zum Teil sehr steilen Straßen für tausende Arbeiter und ihre Familien Wohnhäuser gebaut, die heute mit ihrer schönen Architektur den Stadtteil rund um die Thomaskirche prägen.
So lag das Gemeindehaus bald nicht mehr im Grünen, sondern mitten in einem Arbeiterviertel. In den 60er Jahren wurde deshalb der Gemeindesaal zu einem Kirchsaal umgebaut und die Thomaskirche erhielt ihren neuen Namen. Die östliche Wand wurde durch eine bunte Glasfassade ersetzt, die immer noch eine der größten im Rheinland ist und bei Sonnenaufgang prächtig und fröhlich leuchtet.
Ein wichtiges und trauriges Ereignis geschah am 9. April 1998, als ein wesentlicher Teil der Thomaskirche Opfer einer Brandstiftung wurde. Unter Federführung des Architekten Hans Christoph Goedeking, dessen Vater bereits den Umbau in den 60er Jahren geleitet hat, wurde die Kirche wieder aufgebaut.
Nachdem aufgrund eines Vermächtnisses der Schwestern Pilgram die Glasfassande 2008 renoviert werden konnte, sind die großen bunten Fenster hinter dem Altar immer noch der schönste Schmuck des Hauses.