Die Schwedische St. Michaeliskirche in Tallinn besteht architektonisch betrachtet aus mehreren gotischen Kaufmannshäusern, die zu Beginn des 16. Jahrhunderts zusammengefasst und zu einer Spitalkirche umgewandelt wurden. In die Nischen wurden Kranke und Sterbende gebettet, die von Freiwilligen versorgt wurden und so an den Gebetszeiten teilnehmen konnten. Die Kirche ist zweischiffig, relativ niedrig, hat schöne Gewölbebögen und einen Holzfussboden, wodurch eine gute Akustik besteht.
In Folge des Nordischen Krieges (1700-1721) wurde die schwedische Gemeinde Tallinns, die zuvor in der St. Michaelis-Klosterkirche (heute Hauptkirche der Estnischen apostolisch-orthodoxen Kirche) ihre Gottesdienste hielt, heimatlos. Schliesslich wurde der Gemeinde gestattet, die ehemalige Spitalkirche St. Johannis zu beziehen. Am Michaelistag (also dem 29.9.) 1733 wurde die Schwedische St. Michaeliskirche eingeweiht. Seit dieser Zeit bildete die schwedische Gemeinde einen festen Bestandteil im geistlichen und politischen Leben der Stadt und des Landes, neben den estnischen, russischen und deutschbaltischen Gemeinden.
Nach der Zerstörung der benachbarten Nikolaikirche durch einen sowjetischen Bombenangriff am 9.3.1944 war die verbliebene deutschsprachige Gemeinde Tallinns, die sich aus Umsiedlungsverweigerern und Militärangehörigen zusammensetzte, ohne Obdach. Für die letzten Kriegsmonate fanden so auch deutschsprachige Gottesdienste in der Schwedischen St. Michaeliskirche statt.
Mit Beginn der sowjetischen Okkupation 1944 endet das gottesdienstliche Leben. Die schwedische Gemeinde ist, wie auch die meisten verbliebenen Deutschsprachigen, nach Westen geflohen. Das leerstehende Kirchgebäude wird in eine Sporthalle umgewandelt, in der bis in die Neunziger Jahre hinein Schwerathletik und Boxen trainiert wird.
Die Wiedererlangung der Unabhängigkeit Estlands änderte diese Situation grundlegend. 1992 kam das schwedische Königspaar zu Besuch und besichtigte auch die ehemalige Kirche. Im November 1992 fand der erste reguläre Gottesdienst der schwedischen Gemeinde seit 1944 statt. 1993 verliessen die letzten Sportler die Kirche. Der Zustand des Gebäudes war beklagenswert. Gleichwohl gelang es, die Kirche innerhalb von 7 Jahren so zu renovieren, dass sie heute zu den schönsten Gotteshäusern Tallinns gehört, in dem regelmässig schwedisch-, estnisch-, finnisch- und deutschsprachige Gottesdienste stattfinden. Ausserdem ist die Kirche sehr als Konzertort geschätzt. Zur Ausstattung gehört auch ein „Estonia“-Flügel.
Es ist der Initiative des schwedischen Pfarrers Patrik Göransson zu verdanken, dass die Kirche sehr stilecht und geschmackvoll, teils unter Verwendung ehemaligen Mobiliars wiedereingerichtet wurde.
Unsere deutschsprachige Gemeinde feiert hier seit 2006 ihre Gottesdienste. Sie war allerdings schon vor Beginn des intensivsten Teils der Renovierung Mitte der 90ger Jahre hier zu Gast.