Markus Bräuer ist Theologischer Vorstand des Gemeinschaftswerkes der Evangelischen Publizistik und Medienbeauftragter des Rates der Evangelischen Kirche in Deutschland.
Als Theologischer Vorstand verantwortet Markus Bräuer seit 2018 den Geschäftsbereich Rundfunk, Film und Kommunikation. Zugleich gehört Markus Bräuer zum Publizistischen Vorstand des Gemeinschaftswerkes der Evangelischen Publizistik.
Als Medienbeauftragter des Rates der EKD ist er zugleich von der Vereinigung Evangelischer Freikirchen (VEF) beauftragt und berät seit 2007 den Rat der EKD medienpolitisch, verantwortet die deutschlandweit ausgestrahlten evangelischen Verkündigungssendungen in den öffentlich-rechtlichen wie den privaten Sendern, steht den Rundfunkanstalten als Ansprechpartner in der evangelischen Kirche zur Verfügung und arbeitet in den verschiedenen Gremien des Jugendmedienschutzes mit.