Mit der Reformation Martin Luthers war auch Bad Goisern, das mitten im schönen Salzkammergut liegt, bald von der Lehre Luthers durchdrungen und man spricht davon, dass Mitte des 16. Jahrhunderts das Salzkammergut zur Gänze Lutherisch geprägt war. Doch aufgrund der starken Gegenreformation in den habsburgischen Landen mussten sich die lutherisch infizierten Christen bzw. noch Katholiken in den Untergrund zurückziehen und das Zeitalter des Geheimprotestantismus war auch im Salzkammergut und Bad Goisern angebrochen. Über 150 Jahre lebte man den evangelischen Glauben im Geheimen und Verborgenen und überlieferte das Evangelische Glaubensgut über Generationen hinweg auf verborgenen und geheimen Wegen. Erst mit dem Toleranzpatent Kaiser Joseph den II am 13. Oktober 1781 wurden die evangelischen Christen in Österreich anerkannt. Bad Goisern wurde die erste sogenannte Toleranzgemeinde im inneren Salzkammergut und man begann 1782 mit dem Bau des Bethauses. Bethaus deswegen, da ein Kirchenbau mit Kirchturm und Rundbögen bei den Fenstern und Türen sowie eine Apsis nicht erlaubt war. Das Bethaus durfte von außen nicht als Kirche erkannt werden. Die heutige evangelische Kirche hat noch die Grundausmaße des ehemaligen Bethauses von 1782. Die Rundbögen bei den Fenstern und bei den Türen wurden schon 1816 bei der ersten Grundsanierung verbotener Weise errichtet und belassen. Der Kirchturm wurde Mitte des 19. Jahrhunderts 1857 angebaut und die 4 neuen Kirchenglocken läuteten das erste mal 30. Dezember 1858
Aufgrund der schwierigen und außergewöhnlichen Geschichte der Evangelischen Christen in Österreich und Bad Goisern ist die Kirche im Baustil sehr schlicht gehalten und eine Besonderheit ist die sehr groß gehaltenen Empore mit viel Platzangebot. Bis zu 600 Personen finden auf der Empore Platz. Man benötigte für viele Evangelische Christen Platz, die aus der ganzen Umgebung des Salzkammergutes in das damals erste evangelische Gotteshaus bzw. Bethaus strömten.
Ein einzigartiges Schmuckstück ist die Barockorgel aus Franken aus der Zeit um 1750 und diese wurde 1783 der Pfarrgemeinde Bad Goisern als Geschenk übergeben. Dieses großartige Geschenk verdankt die Pfarrgemeinde ihrem ersten Pfarrer Christoph Kästner.
2008 wurde die Kirche einer großen Innensanierung unterzogen. Es wurde darauf geachtet, dass der Kirchenraum mit seiner ursprünglichen schlichten Architektonik erhalten blieb, aber ein heller, freundlicher und einladender Gottesdienstraum geschaffen wurde. Wunderschön haben sich die neuen Glasfenster von der Künstlerin Maria Moser im oberen Bereich der Apsis eingefügt und erfreuen die Gottesdienstgemeinde mit ihrer Farbenbracht und ihrer künstlerischen Einzigartigkeit und Faszination.
Ein Schwachpunkt der Kirche ist noch unser altes Kirchendach, dass immer wieder Wassereintritte zu verzeichnen hat. Eine Grundsanierung des Kirchendaches ist unausweichliche und stellt die Pfarrgemeinde vor große finanzielle Herausforderungen.