Johanna Haberer wurde 1956 in München geboren. Sie studierte Germanistik, Theaterwissenschaften und Theologie und war als Pfarrerin in Schongau tätig.
Im Anschluss daran arbeitete sie als Rundfunk- und Fernsehbeauftragte ihrer Landeskirche beim Bayerischen Rundfunk, als Redaktionsleiterin der evangelischen Funkgentur (efa) im Evangelischen Presseverband für Bayern, als Redakteurin bei der evangelischen Filmgesellschaft EIKON und als Chefredakteurin beim „Sonntagsblatt, evangelische Wochenzeitung für Bayern“, sowie als Redaktionsleiterin des Evangelischen Fernsehens (efs).
Von 1997–2001 war sie Rundfunkbeauftragte des Rates der Evangelischen Kirche in Deutschland.
Seit 2001 lehrt sie als Professorin für Christliche Publizistik an der theologischen Fakultät der Universität Erlangen. Sie ist Rundfunkpredigerin beim BR und war bis 2006 Sprecherin des „Wortes zum Sonntag“. Sie ist Mitglied in einer Reihe von publizistischen Kommissionen und Jurys.