Die Evangelische Kirchengemeinde St. Marien hat eine große Tradition. Der Probst von Berlin war seit dem Mittelalter als Pfarrer in St. Nikolai zugleich auch erster Pfarrer in St. Marien. Nach der Säkularisierung der Nikolaikirche 1938 wurde die St. Marienkirche auch sein Amtssitz. Es entsprach dieser übergemeindlichen Tradition der St. Marienkirche, dass sie nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges die Kirche des Bischofs der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz wurde und bis heute geblieben ist.
Martin Luther King als Prediger in St. Marien
Außerdem fungierte die Kirche als gastgebende Predigtstätte für Prediger aus dem In- und Ausland – unter anderem predigten hier Martin Luther King und Probst Heinrich Grüber -, als Ort für Gottesdienste und Veranstaltungen mit landeskirchlicher Prägung und schließlich als markante Schnittstelle der Begegnung von Kirche und Bürgerschaft im Herzen Berlins.
Im Januar 2003 fusionierte die evangelische Kirchengemeinde St. Marien mit der Kirchengemeinde Georgen/Parochial, im Januar 2006 mit der Kirchengemeinde St. Petri-Luisenstadt. Damit ist erstmalig das gesamte Gebiet der historischen Altstadt Berlins und Cöllns unter dem Dach einer Gemeinde vereint. Die evangelische Mitte Berlins heißt seither St. Petri-St. Marien. Die neue Gemeinde zählt 3100 Mitglieder.
Citykirche: die begehbare Glaubenswelt
St. Marien versteht sich als Citykirche. Stadtkirchenarbeit oder, wie es auch heißt, Citykirchenarbeit, meint ein über die Ortsgemeinde hinausreichendes, auf die Stadt und all ihre Bewohner ausgerichtetes öffentliches Handeln der Kirche. Seinen zentralen Bezugs- und Ausgangspunkt hat dieser Dienst in einer Innenstadtkirche oder Citykirche. Diese befindet sich in der Stadtmitte, strahlt vom Gebäude her öffentlich aus – sowohl was ihr Alter betrifft, wie auch ihre ästhetische Anmutung und die symbolische Bedeutung. Außer von der Ortsgemeinde wird sie auch von der Stadt und anderen kirchlichen Institutionen und Gruppen wahrgenommen und genutzt.
Citykirchen sind gedacht als begehbare Glaubenswelten, die die Erinnerung an die Botschaft Jesu tagtäglich wach halten. Sie bieten eine Herberge für die überhörten und verdrängten Menschen dieser Zeit. Ihnen kommt eine Scharnierfunktion zwischen den Ortsgemeinden und den Menschen und Lebensbereichen zu, die über den Wohnort nicht mehr erreicht werden. So wirken sie als öffentliches Schaufenster und Foyer der Kirche mitten in der Gesellschaft.