Seit im Jahre 1799 zusammen mit der lutherischen Gemahlin des Kurfürsten Max IV. Joseph, Karoline, ein protestantischer Hofstaat nach München gekommen war, hatte sich die konfessionelle Situation in der Stadt verändert. Im Mai 1799 fand der ersten evangelische Gottesdienst im Nymphenburger Schloß statt. Bald wurde der Kirchenraum dort zu klein und man entschloss sich, den Bau einer eigenen Kirche anzustreben.
Am 27. August 1833 wurde die Kirche geweiht. Sie wurde leider nicht sehr alt. Im Jahr 1938 ließen die Nationalsozialisten St. Matthäus sprengen – innerhalb der selben Woche wie die große Hauptsynagoge, die sich in unmittelbarer Nähe befand.
Nach dem Krieg, genauer 1955 konnte mit der Einweihung der neuen St. Matthäuskirche des Architekten Gustav Gsaenger am Sendlinger-Tor-Platz die Gemeinde wieder eine eigene Kirche beleben. Die evangelisch-lutherische Bischofskirche St. Matthäus in München gilt als eine der frühesten Sakralarchitekturen der organhaften Moderne des Kirchenbaus.
Ihren modern-geschwungenen Kurvierungen verdankt sie den Spitznamen „Herrgotts Achterbahn" – oder auch „Bodwanndl zu unserm Lieben Herrn“.
Heute erfüllt die evangelische Bischofskirche reges Leben der verschiedensten Art. Ökumenische Gottesdienste mit Kardinal und Landesbischof finden ebenso statt wie das vierzehntägliche Frühstück bei dem sich 100-120 Obdachlose und Obdachhabende treffen. Wöchentlich treffen sich der Internationale Kinder-Zirkus TRAU DICH, eine internationale Eltern-Kind-Gruppe und eine Gruppe von Motorradfahrern. Die sonntäglichen Gottesdienste sprechen unterschiedliche Bedürfnisse geistlichen und litugrischen Lebens an – eine City-Kirche. Mit allen Herausforderungen. Viel Musik, offenen Türen, bekannten und neuen Gesichtern – evangelisches Leben unter dem Kreuz Jesu in der Gemeinschaft der Kinder Gottes.